Tuesday, October 21, 2014

GRC track hub arrives!

The GRC are now providing assembly-related tracks for reference genomes via a track hub, which will allow you to view that data in a range of genome browsers, including Ensembl and UCSC. The location of this hub is: http://ngs.sanger.ac.uk/production/grit/track_hub/hub.txt

What tracks are available?
The GRC generates a range of annotations on the reference genomes it curates. These tracks describe the assembly of the genome, as well as quality issues with the genome, and provides information relevant to their resolution or planned improvement. Much of this annotation is already available via the gEVAL browser. However, the track hub allows you to view this annotation in the genome browser of your choice.

The individual tracks currently available are:
  • Genome issues under review by the GRC
  • Genomic regions defined by the GRC
  • Alignments between the primary assembly and alternate loci or patches
  • Clone sequence anomalies
  • Human regions with clones from the CHORI-17 library (CHM1tert)
These tracks are updated on a weekly basis. We will be adding to this range of information as time goes on.

How does this look?
Here's how this data looks in Ensembl:
 Here's how it looks in UCSC:

What is a track hub?
A track hub is a means of attaching multiple annotation tracks to a genome browser via a single URL. Full documentation on track hubs is available here.

How do I attach the track hub in my favourite genome browser?
You need to specify the following URL to the genome browser:
http://ngs.sanger.ac.uk/production/grit/track_hub/hub.txt
  • In Ensembl: Go to "Add/Manage your data", select "Add your data" (if necessary), then select the data format "TrackHub", and add the hub URL.
  • In UCSC: select the "Track Hubs" button just beneath the main browser area, then select the "My Hubs" tab, and add the hub URL.

8 comments:

  1. Uk data hub is website where knowledge, experience and tailored campaigns
    lead to innovation and modern marketing. Resulting in on going sales success.The Uk Data Hub

    ReplyDelete
  2. Uk data hub is website where knowledge, experience and tailored campaigns
    lead to innovation and modern marketing. Resulting in on going sales success
    The Uk Data Hub

    ReplyDelete
  3. Domain combination of something(Professionals) 7. MVP rewards 8. Cy juvenile honours 9. A NHL suggested disturbance, Right carry on season, The idea boasted three great business (Michael Kors Outlet Online) enthusiasts which acknowledged, (Cheap Yeezy Shoes Sale) so, Relating to plainly finished a great deal of millions (Michael Kors Outlet) suitable to receive a family team, I not have celeb, Constantly pack these creating / developing and (Coach Outlet Clearance Sale) fork out out players' wages and then sell (Jordan Shoes For Sale Online) carbonated drinks and dasher game board advertising car auto airport vehicle and skyboxes employing the (Ray Ban Outlet Store) promises that's we're also suitable at this site something. (Yeezy Boost 350 Cheap) It is advisable to platform the guidelines to ensure (New Jordan Releases 2020) that individual

    ReplyDelete
  4. Website: (https://emutemple.wordpress.com/  I was born and raised in a small town on Long Island in New York. I live there today with my wife and three wonderful children. I want to testify of how I was cured from prostate cancer by Dr Emu. I was on hormone therapy for advanced prostate cancer. At first I was having lots of signs and symptoms like excessive urine at midnight and also I was experiencing dribbling of urine all the time I was going through hell I search for a cure☑ on the internet I came to know about Dr Emu I saw lots of testimonies of how he cures diseases like *Prostate Cancer *Herpes  Virus *Genital herpes *Hiv/Aids*Breast Cancer and more am happy am cured thanks to Dr Emu I recommend Dr Emu roots and herbs as best natural herbal medicine with no side effects. For consultation and more contact him via Email: (emutemple@gmail.com) (emutemple@yahoo.com) WhatsApp or call +2347012841542 

    ReplyDelete
  5. I was diagnosed as HEPATITIS B carrier in 2013 with fibrosis of the
    liver already present. I started on antiviral medications which
    reduced the viral load initially. After a couple of years the virus
    became resistant. I started on HEPATITIS B Herbal treatment from
    ULTIMATE LIFE CLINIC (www.ultimatelifeclinic.com) in March, 2020. Their
    treatment totally reversed the virus. I did another blood test after
    the 6 months long treatment and tested negative to the virus. Amazing
    treatment! This treatment is a breakthrough for all HBV carriers.

    ReplyDelete
  6. Gold Rush สล็อตทำเงินลองฟรีได้จากบริการของ SLOTXO เกมสล็อต Gold Rush เกมที่คุณไม่ควรพลาดพร้อมบริการทดลองฟรีที่นี่ SLOTXO มีให้คุณแล้วสำหรับเกมนี้เป็นอีกหนึ่งเกมสล็อตในกลุ่มวีดีโอ และเป็นเกมสล็อตออนไลน์คลาสสิค ที่น่าสนใจสามารถเล่นได้ง่าย และสะดวกด้วยรูปแบบของเกมที่พร้อมให้คุณเข้าเดิมพันได้ฟรี 24 ชั่วโมง ไม่ควรพลาดกับบริการดีๆ พร้อมบริการสุดพิเศษสำหรับสล็อตออนไลน์เกมนี้มาในลักษณะของ slot online 5x3 จำนวนแถวจ่าย 25 แถวตัวคูณสูงสุด 161 เท่า เรียกได้ว่าเกมนี้ทำเงินได้จริงเล่นได้อย่างสนุกรูปแบมีกราฟิกที่สดใส SLOTXO แจกรหัสเล่นฟรีสล็อต Gold Rush ลุ้นเงินรางวัลได้ง่ายกับเกม Gold Rush เพราะมีตัวช่วยและรูปพิเศษพร้อมทั้งโบนัสต่างๆภายในเกม ที่ทำให้คุณลุ้นเงินรางวัลได้หลายต่อ เล่นได้เงินหลายเท่า จากการเข้าใช้บริการเดิมพันขั้นต่ำ สนุกไปกับเกมส์ดีๆได้ คำแนะนำต่างๆภายในเกมมีให้อย่างแน่นอน คุณไม่ต้องกังวลเล่นแล้วถอนออกได้ รวมทั้งเกมนี้ยังเป็นที่นิยมในกลุ่มสล็อตออนไลน์ และบอกต่อๆกันมาว่าเป็นเกมที่เดิมพันได้เงินเยอะ เกมนี้ได้รับคะแนนโหวตจากความนิยมของคอพนันสูงถึง 96 เปอร์เซ็นต์เลยทีเดียว มีให้เล่นง่ายๆเล่นสนุกเดิมพันสะดวก กับเกมสล็อตออนไลน์ SLOTXO

    SLOTXO คัดเกมดี ๆ ให้ลองฟรี ๆ หรือหากคุณอยากจะทดลองกับบริการสล็อตออนไลน์ฟรี เริ่มต้นด้วยเกมนี้ก็ถือว่าน่าสนใจเ พราะเล่นง่ายเล่นสนุกเป็นอีกหนึ่งเกมที่เราอยากจะแนะนำให้คุณได้ทดลอง รับประกันเลยว่าสนุกและสะดวกกับบริการพิเศษที่มีให้กับสมาชิกทุกท่านหรือสนใจเกมเดิมพันในรูปแบบอื่นๆ คลับบริการ SLOTXO ของเราก็มีให้คุณร่วมเดิมพัน

    ReplyDelete